O Anhanguera Educacional organizou-se como uma companhia de capital aberto em 2003. Foi a sucessora das então existentes Associação Lemense de Educação e Cultura, entidade mantenedora do Centro Universitário Anhanguera (Leme e Pirassununga); Faculdade Comunitária de Campinas e Faculdades Integradas de Valinhos, Instituto Jundiaiense de Educação e Cultura, entidade mantenedora da Faculdade Politécnica de Jundiaí; e Instituto de Ensino Superior Anhanguera, entidade mantenedora da Faculdade Politécnica de Matão.

Estas associações, todas de natureza não lucrativa, foram a base legal para a transformação de cada uma em sociedades educacionais, como sociedades anônimas: Sociedade Educacional de Leme S.A., Sociedade Educacional de Jundiaí e Sociedade Educacional de Matão, forma organizacional então pensada e preparada para a futura abertura de seu capital na Bolsa de Valores.

Destas três sociedades anônimas surgiu a Anhanguera Educacional, hoje definida como a sociedade mantenedora de todas as unidades educacionais existentes, sejam faculdades, centros universitários ou universidade. Assim, desde 2004, os novos cursos e unidades orgânicas ou adquiridas estão sob a mantença da instituição.

Ao longo da sua trajetória, a Anhanguera Educacional vivenciou diversas fases de crescimento: a primeira, de expansão dos seus cursos superiores e da sua base física, até 1998; a segunda, de otimização e qualificação dos seus currículos e projetos pedagógicos, até 2003; e a terceira, de reorganização estrutural, administrativa e financeira, sendo essa última com o ingresso de novos parceiros-sócios e investidores.